激光扫描共聚焦显微镜采用共轭焦点技术，使光源针孔、样品及探测器针孔处于彼此对应的共轭位置。激光扫描共聚焦显微镜具有超衍射极限的高分辨率、高成像对比度以及能够层析成像等特点，还能够实时地观察活细胞的内部变化。这些特点使得激光扫描共焦显微镜在组织生物学、细胞生物学、分子生物学、基因学、胚胎学、神经学、病理学、免疫学、流行病学、肿瘤学、细菌学、病毒学等生物和医学领域有广阔的应用。

  目前已经研制出第二代样机，掌握了高速振镜扫描控制、多通道荧光光谱探测等多项关键技术，完成了拥有自主知识产权的激光扫描共聚焦显微镜。样机具备4路激光激发，三通道荧光光谱分光探测，层析三维成像等功能，能够满足大部分用户的需求。