激光扫描共聚焦显微镜具有超衍射极限的高分辨率、高成像对比度以及能够层析成像等特点，可实时地观察活细胞的内部变化。这些特点使得激光扫描共焦显微镜在组织生物学、细胞生物学、分子生物学、基因学、胚胎学、神经学、病理学、免疫学、流行病学、肿瘤学、细菌学、病毒学等生物和医学领域有广阔的应用。